В SIMAI Framework 4 (SF4) важно разделять системный шаблон и проектный слой шаблона. Системный шаблон нужен как стабильная «точка входа» в публичную часть и должен безболезненно обновляться. Всё, что относится к конкретному проекту (разметка, области, панели, свои стили/скрипты, переопределения) переносится в {site_dir}/simai.data/template.

Практически это означает: вы не «дорабатываете» системный header.php/footer.php, а настраиваете проектный template.php и связанные файлы в simai.data. Так обновления SF4 не превращаются в ручной мердж шаблона.