В вашей текущей схеме важно зафиксировать:

• системный шаблон всегда simai.framework и он именно «подключает» проектный шаблон из simai.data, где и происходит вся кастомизация.

Упоминания сценария, когда в настройках сайта активируют не simai.framework, а некий /bitrix/templates/SF_SOLUTION, в ваших текущих входных данных требуют уточнения (как именно это реализовано в ваших проектах и встречается ли вообще). Даже если такой сценарий используется, принцип SF4 остаётся тем же: проектные переопределения и расширения всё равно держатся в {site_dir}/simai.data.