Кастомизации SF4 должны быть организованы так, чтобы обновления проходили “без боли”. Базовое правило:

• все правки и проектные данные — в {site_dir}/simai.data (и/или в отдельных модулях),
• ядро /simai и системный шаблон — не править.

Практически это раскладывается так:

• simai.data/template/** — проектный шаблон, области, панели, проектные style/js/meta/property.
• simai.data/template/area/<код>/template.php — include-области (ваш рабочий механизм).
• simai.data/grid/** — проектные блоки/вьюхи и их вариации (override поверх системных).
• simai.data/admin/** — проектные скрипты публичного редактирования (если они используются в проекте).
• Настройки уровней — в simai.data и в /.property.php там, где это принято в проекте.