У вас обновления идут через сервер обновлений, поэтому регламент стоит строить вокруг двух ключевых принципов:

ядро и системный шаблон считаются обновляемыми и неизменяемыми (их не правим),
кастомы и конфиги живут отдельно (в simai.data или в отдельных модулях) и должны переживать обновление без ручных переносов.

Рекомендуемый порядок работ (универсальный, без привязки к конкретному релизу):

Подготовкаlink

Сделать бэкап: база + файлы сайта (как минимум simai.data и всё, что относится к решению).
Проверить права на запись для {site_dir}/simai.data (иначе часть сценариев “сохранить конфиг/шаблон/настройку” может внезапно перестать работать).
Зафиксировать текущие версии:
- SF4 (модуль),
- 1С-Битрикс,
- PHP.
Обновлять сначала среду, если это требуется:
- если целевая версия 1С-Битрикс требует другого PHP — сначала привести PHP к допустимой версии (минимум 8.0, лучше 8.2),
- затем обновлять 1С-Битрикс,
- затем SF4 через сервер обновлений.

Обновление SF4 через сервер обновленийlink

Выполнить обновление модулей SF4 штатным способом через ваш сервер.
Не переносить “правки ядра”: обновление должно проходить без необходимости трогать /simai и системный шаблон.
После обновления — очистка кэшей (см. ниже) и прогон базовых проверок.

Минимальный набор, который быстро ловит 80% проблем:

Публичная часть:
- страница открывается без фаталов,
- базовый CSS/JS подключается,
- нет дублей библиотек (особенно если на проекте подключаются дополнительные плагины).
Админка / инструменты:
- открываются ключевые страницы настроек/редакторов (если используются),
- работают операции чтения/записи в {site_dir}/simai.data.
Контентные шаблоны:
- ваши override-блоки/вьюхи из simai.data подтягиваются корректно,
- include-области (simai.data/template/area/...) подключаются, как ожидается.