Для эксплуатации важно, чтобы команда одинаково понимала термины:

• /simai — ядро SF4 (обновляемое, не правим).
• {site_dir}/simai.data — данные сайта и кастомизация (это и есть “слой проекта”).
• /bitrix/templates/simai.framework — базовый системный шаблон (в вашей схеме он подключает проектный шаблон из simai.data/template/template.php).