SF4 спроектирован так, чтобы ядро можно было обновлять, не теряя проектные доработки: всё, что относится к проекту, хранится в {site_dir}/simai.data, а системные слои считаются “перезаписываемыми” при обновлении.

Рекомендуемый безопасный порядок (как регламент эксплуатации, без привязки к конкретной версии SF4):

1. Сделать резервную копию (файлы сайта + база).

2. Проверить права записи на {site_dir}/simai.data (иначе после обновления часть настроек/сохранений может не примениться).

3. Обновлять окружение “снизу вверх”:

   • PHP (если требуется для целевой версии 1С-Битрикс),
   • 1С-Битрикс (ядро + зависимости),
   • затем SF4-модули.

4. После обновления проверить:

   • что кастомы в simai.data остались на месте,
   • что системные файлы не “подхватывают” старый кэш,
   • что на публичной части нет ошибок загрузки CSS/JS.

Если вам нужна именно жёсткая инструкция “обновлять сначала SF4, потом Bitrix (или наоборот)” — в локальных данных это не зафиксировано, лучше уточнить под ваш стек (какая версия Bitrix/PHP сейчас и до какой планируется подняться).